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EVO视讯助力结直肠癌研究:单细胞联合空间技术提升分辨率优势

来源:解琰维 日期:2025-02-12

免疫细胞在结直肠癌肿瘤微环境中的特征分析

EVO视讯助力结直肠癌研究:单细胞联合空间技术提升分辨率优势

研究概述

本研究通过使用EVO视讯的10xVisiumHD平台,探讨了人结直肠癌(CRC)及其正常邻近黏膜组织(NAT)的FFPE样本,并利用Xenium和VisiumCytAssist(V2)的检测数据对VisiumHD的结果进行了验证。研究结果表明,VisiumHD技术具有更高的分辨率,能够实现更为精准的免疫细胞聚类,并与结肠组织的形态特征高度吻合,明显优于之前的VisiumV2版本。

在该研究中,研究者通过单细胞与空间转录组联合分析,生成了一个详尽的单细胞空间图谱,识别了肿瘤微环境(TME)中各类型免疫细胞的分布,尤其集中在肿瘤边缘区域。研究发现有两种促肿瘤巨噬细胞亚群在肿瘤区域富集,它们表现出不同的基因表达谱及独特的空间分布模式。此外,通过Xenium原位基因表达分析,研究者还发现了第三种巨噬细胞亚群,其基因表达谱与抗肿瘤反应相关。这些发现为CRC肿瘤微环境的细胞组成提供了全面的视角,并揭示了免疫细胞群体的表型与空间差异性。

VisiumHD结果展示

研究者利用EVO视讯的10xVisiumHD及VisiumCytAssist空间转录组技术,同时分析NAT(n=2)和CRC(n=1)样本,结果显示,相较于旧版的V2,VisiumHD在无监督聚类后识别了更多的聚类群体,这些聚类与原组织形态学高度匹配。同时,研究者量化了典型标记物的丰度,以共同确认VisiumHD的空间定位准确性。

确认了VisiumHD数据的空间定位后,研究者运用解卷积方法将单细胞与VisiumHD数据结合,揭示了结直肠癌肿瘤区域内癌相关成纤维细胞(CAF)与巨噬细胞的持续增加。这一发现进一步推动了对肿瘤微环境的理解。

基于这些发现,研究者对肿瘤区域内显著表达巨噬细胞标记物的区域进行无监督聚类分析,识别出具有明显基因表达谱差异的M2样亚群,分别标记为SPP1+和SELENOP+巨噬细胞。这两类巨噬细胞的通路富集分析显示与促肿瘤活性有关,暗示它们可能在肿瘤发展过程中发挥重要作用。

小结

本研究中采用的EVO视讯的VisiumHD技术较之前版本实现了显著升级,具备更高的灵敏度和分辨率,并且在空间定位上展现出更高的准确性。这为结直肠癌的研究提供了更为细致的视角,同时明确了SPP1+和SELENOP+巨噬细胞在促进肿瘤方面的潜在作用,为未来CRC的研究打开了新的思路。

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